Osnivanje koncentracijskih logora je krenulo kada se ustaško vodstvo usudilo pokrenuti masovna privođenja Srba, Židova i Roma. Logori uskoro postaju mjesta internacije i zatočenja i svih drugih, okvalificirani kao neprijatelji ustaškog režima. Prema tome, logori u NDH postaju institucija terora i prema Hrvatima i Muslimanima, prema svim „neprijateljima države“.
Najprije je osnivanje logora i nadzor nad njima bio u nadležnosti Ustaške nadzorne službe, kojoj se na čelu nalazio Eugen Dido Kvaternik. Njemu su bili podređeni „svi organi redarstva, oružništva, mjesnih zapovjedništava, te uopće svih državnih samoupravnih organa“.Nakon toga započelo je stvaranje golemog policijskog aparata NDH, koji će se ubrzo razgranati u niz raznovrsnih organizacija i službi. Eugen Kvaternik je ujedno bio i ravnatelj Ravnateljstva za javni red i sigurnost (RAVSIGUR), osnovanog početkom svibnja 1941. U odredbi o osnivanju RAVSIGUR-a ističe se, da je to učinjeno zbog potrebe uvođenja jedinstvene organizacije u djelatnosti svih policijskih organa u NDH .
RAVSIGUR je bio poseban odjel u Ministarstvu unutrašnjih poslova NDH, a sastojao se od devet odsjeka, među kojima su bili najvažniji odsjeci za „politička pitanja“ i za „javnu sigurnost“. UNS i RAVSIGUR bile su ustanove koje su u stvari imale jedine kompetenciju u pogledu osnivanja logora i slanja uhapšenih osoba u njih. Poslije ukidanja Ustaška nadzorne službe (UNS), u siječnju 1943, RAVSIGUR će biti glavni nosilac tih kompetencija. Niz funkcionara UNS-a i RAVSIGUR-a, čija će djelatnost biti prvenstveno vezana uz pitanja logora, bili su glavni Pavelićevi ljudi u organizaciji i provođenja čitavog sustava terora. Po svojim nečuvenim zlodjelima, njihova imena su ubrzo postala pojam straha i zastrašivanja
u narodu.
Prva etapa u stvaranju sustava ustaških logora, bilo je osnivanje tzv. „sabirališta“, poznatijih i pod drugim imenima: sabirni logori, iseljenički logori, zbirališta. To su zapravo bila mjesta privremenog boravka uhapšenih, mahom Srba, odakle su se vršile deportacije. Bilo ih je u raznim područjima, a najpoznatiji i najveći su bili u Capragu kod Siska, te logori u Bjelovaru i Slav. Požegi.
Druga etapa, koja je vremenski tekla sa prvom, bilo je podizanje koncentracionih logora, tj. poznatih „logora smrti“. Dakle, prvi je bio osnovan logor „Danica“, kod Koprivnice.Prema nekim podacima, taj logor je prošlo preko 5.000 zatočenika, a u njemu se konstantno nalazila polovica toga broja. Logor je ukinut ujesen 1941. godine. Iz njega su, međutim, još u lipnju i srpnju 1941. otpremljeni Srbi i Zidovi u logor Jadovno kod Gospića, gdje su bili pogubljeni. Zatočenici koji su bili Hrvati transportirani su kasnije u Staru Gradišku i Jasenovac.
Logor Jadovno, kraj Gospića organiziran u lipnju 1941, bio je prvi u kojemu su se obavljala masovna pogubljenja zatočenika, Srba i Zidova. Ustaše su svakodnevno dovodili zatočenike u velikim grupama u Gospić, a odatle u Jadovno, gdje su ih ubijali i bacali u obližnje duboke ponore. Među pogubljenima bilo je i više komunista. Prema raspoloživim podacima, u Jadovnu je pogubljeno oko 35.000 ljudi. Logor je ukinut u kolovozu 1941.
U ljetnim mjesecima 1941. postojao je koncentracioni logor za Židove i Srbe na otoku Pagu. U nj su dovođeni zatočenici iz sabirnog logora u Gospiću. I u tom su logoru bila obavljana masovna pogubljenja, a u vrijeme likvidacije logora, sredinom kolovoza, otpremljeno je oko 3.000 Srba u Jadovno, a posljednja grupa od oko 450 Zidova u Kruščicu (žene), Jadovno i Jasenovac (muškarci). Logor u Kruščici, kraj Travnika, postojao je u približno isto vrijeme, a u njemu su uglavnom bili zatočeni žene i djeca, ponajviše Židovi.
Od rujna 1941. do jeseni 1942. postojao je koncentracioni logor u Loborgradu, nedaleko od Zlatar Bistrice u Hrvatskom Zagorju. U njemu je, pored jednog broja Srpkinja, bilo zatočeno oko 1.300 Židovki, većinom prebačenih iz Krušćice, zajedno s djecom. Nakon ukidanja logora, zatočenice su poslane u logor Auschwitz. U prosincu 1941. osnovan je logor u Đakovu, namijenjen prvenstveno židovskim ženama i djeci, kojih je bilo oko 3.000. Od njih je velik broj bio pogubljen. U srpnju 1942. logor je ukinut, a preostali zatvorenici odvedeni u Jasenovac. U lipnju 1942. osnovan je privremeno logor Tenje, u Osijeku. U njemu su bili zatočeni gotovo svi preostali Židovi baš tada i pohapšeni u Osijeku, te nekim drugim slavonskim mjestima, a bilo je zatočeno oko 3.000 osoba. Sredinom kolovoza započela je njihova likvidacija, u Auschwitzu i Jasenovcu. Početkom kolovoza 1942. osnovan je logor u Sisku. U nj je doveden dio srpskog stanovništva s Kozare, zarobljen poslije njemačko-ustaške ofenzive. Bili su to uglavnom starci, žene i djeca. Posebno se izdvajao logor za djecu, odvajanu od roditelja. Grupe starijih zatočenika upućivane su odatle u Jasenovac i Staru Gradišku.
Glavni i najveći logori u NDH bili su u Jasenovcu i Staroj Gradiški. Jasenovački logor počinje se osnivati od ljeta 1941, kada ustaše dovode prve grupe Srba i Zidova (Logor br. I). Daljnjim pristizanjem zatočenika logor se ubrzano širi (Logor br. II). Od studenog 1941. logor se još više povećava (Logor br. III te Logor br. IV). Time je Jasenovac dobio svoju pravu fizionomiju, postavši najveći koncentracioni i likvidacioni logor i mučilište svih »nepoćudnih osoba«, koje je režim hapsio i ubijao bez razlike na njihovu nacionalnost. To je jasno došlo do izražaja u Pavelićevoj »Zakonskoj odredbi o upućivanju nepoćudnih i pogibeljnih osoba na prisilni boravak u sabirne i radne logore«, u kojoj se, među ostalim, navodi ovo: »Nepoćudne osobe, koje su pogibeljne za javni red i sigurnost, ili koje bi mogle ugroziti mir i spokojnost hrvatskoga naroda ili tekovine oslobodilačke borbe hrvatskog ustaškog pokreta, mogu se uputiti na prisilni boravak u sabirne i radne logore«. Kroz jasenovački logor prolaze deseci tisuća ljudi, većinom. Posebnom naredbom E. Kvaternika, 8. VII 1941, naređeno je da se zatočenici više ne upućuju u logor »Danica«. (VII, Fond. NDH, kut. 189, br. reg. 12/1)
RAVSIGUR je 15. VII izdao naredbu po kojoj »valja odmah otpočeti sa pritvorom svih Srba i Židova koji su i malo poznati kao komunisti. Valja početi postepeno i faktički pritvarati i otpremati u zbirni logor »Gospić« Srbe iz pojedinih tako zvanih pravoslavnih otoka, tj. specijalno paziti na to da budu financijalno jači i intelektualno«.
(Građa za historiju NOP-a u Slavoniji, n. dj., knj. 1,60-61).